De Sint Janskerk staat net als de Sint-Servaaskerk ook aan het Vrijthof, het heeft een vuurrode kleur en is de hoogste kerk van Maastricht. In 1218 is de kerk gebouwd. De Sint-Janskerk is vernoemd naar Johannes de Doper en werd ±1200 gesticht door het kapittel van de Sint-Servaaskerk. In 1632, na de verovering van Maastricht door Frederik Hendrik, ging de kerk definitief over in protestantse handen. De kerk heeft een aparte rode vuurrode kleur van de buitenkant. Waarom is eigenlijk nooit duidelijk geworden.
Er is na veel overleg met hoge bestuursleden van Maastricht besloten om enkelen kleine kapelletjes toe te staan aan protestanten. In 1633 zijn deze kapellen te klein geworden waardoor er naar topoverleg besloten is twee nieuwe kerken te bouwen waaronder de Sint Janskerk. Op 1 januari 1634 werd de kerk definitief in gebruik genomen.
Toeristen kunnen de kerk bijna de hele week bezoeken allen op zondag is de kerk gesloten voor publiek.