San Francisco kent een zeer lange geschiedenis. Deze geschiedenis is best interessant. Op de oorspronkelijke plaats waar San Francisco gebouwd is woonde ongeveer zo'n 10.000 jaar voor Christus een Indianenstam, de Ohlone. Een stam die er al heel lang zit en er verlopig niet zou vertrekken. Pas in 1542 kwam hier een einde aan, Portugese ontdekkingsreizigers eiste het land voor zich op. Deze Portugese ontdekkingsreiziger, Juan Rodriguez Cabrillo was in dienst voor Spanje en wilde dat het land eigendom zou worden van het Spanje.
Het eiland behoorde tot Spanje. Toen Mexico in 1821 onafhankelijk werd van Spanje hoorde het toenmalige San Francisco bij Mexico. De bouw van het 'echte' San Francisco kon nu pas echt beginnen.
in 1846 begon de oorlog tussen Mexico en Amerika. Hierbij wist Amerika een groot stuk van Californie te veroveren. Kapitein John B. Montgomery die hiervoor verantwoordelijk was, wilde Yerba Buena hebben, ofwel San Francisco.
Er werden veel forten gebouwd in de baai van San Francisco, zo ook op Alcatraz. In 1906 gebeurde er iets vreselijks, omdat San Francisco op de Sint Andreasbreuklijn ligt ontstond er een gigantisch aardbeving die meer dan de helft van de inwoners dakloos maakte.
Zo rond 1930 werd Alcatraz (een gevangenis) aangelegd. Destijds in de Tweede Wereldoorlog werden er veel wapens ontwikkeld voor de strijd tegen de Duitsers.