De geschiedenis van Saint Malo is uitstekend terug te zien in de stadsmuur die het hele oude centrum nog omringt. De stadsmuur is nog in perfecte staat. De eerste nederzetting in Saint Malo was door de Gallisch-Romeinse Alethum. Dar gebeurde in de 6e eeuw. Door de velen invallen van de Vikingen werden inwoners weggedreven uit de stad en gingen zich elders in de buurt vestigen. In de 12e eeuw keerde men terug.
Vlak voor het begin van de 13e eeuw groeide Saint Malo enorm en dat zorgde ervoor dat er op de rots war het oude centrum werd gebouwd geen ruimte meer was voor uitbreiding. Men ging de omgeving gebruiken om alsnog te kunnen uitbreiden.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog is Saint Malo bespaard gebelven. Het was echter wel een verdedigingsbasis voor de Duitsers.