De stad is omstreeks het jaar 1000 gesticht door Sven Gaffelbaard of Knoet de Grote. Als oprichtingsdatum wordt echter meestal het jaar 1167 gehanteerd. In dat jaar vestigde bisschop Absalon in de stad een burcht op de plaats waar later Christiansborg verrees.
Gedurende vele jaren was de stad gesitueerd in het midden van het rijk van de Deense koningen. Het koninkrijk bevatte toen, naast de huidige Deense provincies ook Skåne, Halland en Blekinge die tegenwoordig aan Zweden toebehoren. In Kopenhagen werd er gehandeld met haringen en er werd gevaren tussen de stad en Skåne. Tijdens de jaren 1100 werd "Havn" (Haven), zoals Kopenhagen toen werd genoemd, belangrijker en dankzij de pas opgerichte domkerken te Roskilde en Lund (in het zuiden van het huidige Zweden) kreeg de stad een zeer centrale plaats. Kopenhagen was midden tussen deze verkeers- en handelsknooppunten gelegen.
In 1167 werd de stad aan bisschop Absalon overgedragen. Hij bouwde daar zijn "Borg ved Havn" (Burcht bij de Haven). Sindsdien heeft Kopenhagen een belangrijke rol in de geschiedenis van Denemarken gespeeld, niet altijd als haar hoofdstad, maar wel als een van de meest belangrijke Deense steden. Op zijn vroegst wordt Kopenhagen in 1536 hoofdstad. Belangrijk voor de werkgelegenheid van de stad was het bouwen van de toen moderne, grote oorlogsschepen (galjoenen).